Po zawarciu przez Ateńczyków przymierza z Aleksandrem jesienią 335 A. mógł bez przeszkód powrócić do Aten. Ponieważ Akademią od kilku lat (od 339) kierował Ksenokrates, którego poglądów filozoficznych A. nie podzielał, z góry był przygotowany na otwarcie i prowadzenie własnej szkoły i dysponował ku temu odpowiednimi środkami. Likejon (Liceum), w którym rozpoczął samodzielne nauczanie, był obszernym okręgiem kultowym ze świątynią Apollona Likejskiego („chroniącego od wilków”) i gimnazjonem, tj. zespołem budowli z dziedzińcami, zamkniętymi portykami, z terenami gier i zabaw, ocienionymi drzewami alejami. Do świątyni prowadziła kryta kolumnada, nazywana „miejscem spaceru”, która dała nazwę szkole A. Likejon był od dawna ulubionym miejscem publicznych spotkań filozofów, sofistów i retorów z młodzieżą ateńską. Szkoła była zorganizowana na wzór Akademii, jako bractwo kultowe ku czci muz. W większym jednak stopniu niż Akademia była placówką badawczą. Zachowane traktaty są najlepszym dowodem, że A. podjął tu na nowo prowadzone przezeń w Akademii wykłady z logiki, fizyki, metafizyki, etyki, retoryki, wzbogacając je i uzupełniając nowymi przemyśleniami. Zakres wykładów poszerzył o nowe przedmioty, m.in. o poetykę, przede wszystkim zaś o przedmioty z zakresu biologii, zoologii, psychologii, których podstawę stanowiły badania prowadzone w Assos i Mitylenie, opracowane obecnie w takich traktatach, jak O duszy, O częściach zwierząt, O rodzeniu się zwierząt, O poruszaniu się zwierząt czy w zbiorze tzw. małych pism przyrodniczych (Parva naturalia). Ten szczęśliwy okres w życiu A., wypełniony głównie wykładami, pracą badawczą i redakcyjną trwał niewiele ponad 12 lat, dopóki potęga macedońska gwarantowała w Atenach stabilizację polityczną. Skoro tylko dotarła do Aten wiadomość o śmierci Aleksandra (w 323), ożyły antymacedońskie nastroje. A. oskarżono o bezbożność. Aby uniknąć procesu, przekazawszy kierownictwo szkoły Teofrastowi, wyjechał razem z rodziną do Chalcydy na Eubei, gdzie dziedziczył po matce posiadłość i dom. W niespełna rok od przybycia na Eubeję, jesienią 322 przed Chr., odsunięty od swych obowiązków i przyjaciół zapadł na chorobę żołądka i zmarł, pozostawiając testament, który pozwala poznać go jako pełnego oddania i życzliwości ojca i pana domu.
